Der er mikrobiologiske krav til slutprodukter af foder, hvor prøverne er taget under oplagring eller ved udlagring fra forarbejdningsanlægget:

• salmonella: ingen i 25 g: n = 5, c = 0, m = 0, M = 0
• enterobakterier: n = 5, c = 2, m = 10, M = 300 i 1 g

hvor:

n = antallet af udtagne prøver, der skal undersøges

m = tærskelværdien for antallet af bakterier; resultatet betragtes som tilfredsstillende, hvis antallet af bakterier i alle udtagne prøver ikke overstiger m

M = maksimumsværdien for antallet af bakterier; resultatet betragtes som utilfredsstillende, hvis antallet af bakterier i én eller flere af de udtagne prøver er M eller derover

c = antallet af udtagne prøver, hvis bakterietal kan ligge mellem m og M, idet prøven stadig betragtes som acceptabel, hvis bakterietallet i de andre udtagne prøver er m eller derunder.

​De mikrobiologiske krav gælder ikke for afsmeltet fedt eller fiskeolie fra forarbejdning af animalske biprodukter, hvis der udtages prøver af det forarbejdede animalske protein, der fremkommer under samme forarbejdningsproces, for at sikre, at disse krav er overholdt.

Animalske biprodukter fra slagterier skal​​ transporteres ved højst 7°C, når produkterne ikke længere er bestemt til konsum, men skal bruges til fodermidler.

​Andre typer uforarbejdet kategori 3-mater​iale til fodermidler skal oplagres og transporteres nedkølet, frosset el​​​ler ensileret. – Med mindre det bliver forarbejdet indenfor 24 timer efter indsamling eller afslutning på oplagringen, og transporten skal foregå i transportmidler ved den samme temperatur som under oplagring. 

Kategori 3-materiale skal som udgangspunkt forarbejdes på et godkendt forarbejdningsanlæg, hvis det skal bruges til at fremstille foder til opdrættede dyr. 

Det er kun kategori 3-materiale, som man må bruge til at fremstille fodermidler. Kategori 3-materiale må ikke bruges til at fremstille fodermidler, hvis det er så fordærvet, at det udgør en risiko for menneskers eller dyrs sundhed.

Forordning 1069/2009, artikel 10, litra a)-m)