Naturlige giftstoffer findes almindeligvis i så små mængder, at de ikke udgør en sundhedsrisiko for mennesker. Men der er undtagelser, f.eks. kan skimmelsvampe og alger producere meget giftige stoffer. Der kan også være meget giftige stoffer som naturligt indhold i fødevarer, f.eks. i tørrede, ukogte bønner.
Nogle giftstoffer, f.eks. lektiner i tørrede bønner, ødelægges af varme. Derfor er det vigtigt, at tørrede bønner koges, før de spises. Forkert opbevaring og håndtering kan øge indholdet af giftstoffer til et sundhedsskadeligt niveau, f.eks. solanin i kartofler eller histamin i fisk.
Læs om naturlige toksiner