Når EU-Kommissionen er på audit i Danmark, vil der oftest blive besøgt et antal virksomheder. Virksomhederne vælges ud fra EU-Kommissionens ønsker samt praktiske og logistiske hensyn. Virksomhedstypen afhænger af, hvilket område EU-Kommissionen skal auditere.
Virksomheder har pligt til at deltage i SANTE F audits. Fødevarestyrelsen og virksomheden kan ikke sige nej til, at EU-Kommissionen deltager ved kontrolbesøg i virksomhederne. Fødevarestyrelsen har en forpligtelse til at assistere EU-Kommissionen og dermed sikre, at EU-Kommissionen opnår adgang til de dokumenter og områder, de ønsker at auditere.
Forløb af audit på den enkelte virksomhed. Virksomheder, der får besøg, vil blive varslet inden besøget. Normalt vil EU-Kommissionen observere, hvordan Fødevarestyrelsen udfører kontrollen og enkelte gange overvåge, hvordan Fødevarestyrelsen udtager prøver og ofte stille spørgsmål til kontrollen og til virksomheden. Herudover har EU-Kommissionens auditteam ofte ønsker om at se dokumenter som for eksempel kontrolrapporter og egenkontrolprogrammer.
Betaling af kontrolbesøg i forbindelse med SANTE F audits. Virksomheden skal kun betale for den tid, som anvendes i relation til Fødevarestyrelsens kontrol. Hvis kontrolbesøget tager ekstra tid, fordi EU-Kommissionen deltager, skal virksomheden ikke betale for den ekstra tid. Hvis der er gennemført det normale antal ordinære kontrolbesøg i kalenderåret, skal virksomheden ikke betale for kontrolbesøget med mindre tilsynet er et opfølgende tilsyn eller lignende.
Der findes fire typer audits fra SANTE F