Når der er bakterier og virus på frugt og grønt, kan det skyldes, at man i nogle lande kan finde på at bruge snavset vand til at vande eller skylle grøntsagerne med. Frugt og grønt fra eksotiske lande kan være vandet med beskidt vand med rester af afføring fra dyr og mennesker. Bakterier og virus kan også komme fra dårlig håndhygiejne hos de mennesker, der høster.
Hygiejnen kan være mangelfuld ved høst, lagring, transport, forarbejdning og salg. F.eks. er det vigtigt, at bærplukkere har gode toiletforhold, kan få vasket hænder og ved, at det er vigtigt at vaske hænder. Det er også vigtigt, at lagerområderne er fri for skadedyr, og at transportmidlerne er rene.
Ved import af produkter fra tredjelande er der ikke alle steder de samme krav til hygiejne ved produktion og håndtering af frugt og grønt som i Europa.