Fødevarestyrelsen kontrollerer, at fiskebrug lever op til reglerne. Fiskebrug er selv ansvarlige for de fødevarer, som de markedsfører. Fødevarestyrelsen fører tilsyn på virksomhederne og udtager stikprøver af fisk og foder til kontrol af kemiske forureninger samt rester af veterinære lægemidler. Der kontrolleres både danskproducerede fisk samt importerede fisk. Det samme gælder for foder til opdrættede fisk.
De undersøgelser, som Fødevarestyrelsen har lavet af opdrættede norske laks, viser meget lave indhold af miljøforureninger som dioxin og PCB. Indholdet af dioxin og PCB er væsentligt lavere end for vildlaks fx fra Østersøen, hvor laksene har et særligt højt indhold på grund af det lukkede farvand og industrien i østersølandene gennem tiden.
Fødevarestyrelsens analyser af opdrættede fisk viser generelt ikke indhold af PFAS over grænseværdierne.
Indhold af kviksølv i opdrættede fisk er ligeledes lavt. Indhold af kviksølv er til gengæld højt i store vilde fisk som fx tun, sværdfisk og hajer.
Fødevarestyrelsens undersøgelser af foder viser ligeledes, at der ikke er problemer med overindhold af uønskede stoffer og fodertilsætningsstoffer, og det er ikke længere tilladt at tilsætte ethoxyquin til foder.
Fødevarestyrelsen udfører fysisk og analytisk kontrol på fodervirksomheder, der producerer, importerer og forhandler foder, herunder fiskefoder til dambrug. Besøgsfrekvensen er også her fastsat ud fra en risikovurdering, og kontrolfrekvensen på disse typer virksomheder varierer fra to gange årligt til et kontrolbesøg hvert andet år. Fødevarestyrelsen kontrollerer virksomhedernes kvalitetsstyringssystem, indgående varer, sporbarhed, hygiejne, tilsatte stoffer, overholdelse af grænseværdier m.m.