Forskellige typer foder kan også have et højt indhold af forbindelser, mineraler og tungmetaller, som dermed har status: uønskede stoffer. Maksimumindhold af uønskede stoffer i forskellige typer foder reguleres af en EU-forordning.
Nedenfor er listet en række eksempler på uønskede stoffer, som kan analyseres i foder:
- Arsen, cadmium bly og kviksølv
- Fluor
- Melamin i foder
- Antibiotika (penicilliner, tetracykliner, sulfonamider, chloramphenicol)