Rådgivning om smittebeskyttelse har tidligere kun været obligatorisk for store besætninger, men som følge af implementering af MRSA-handlingsplanen (november 2016), gøres rådgivningen om smittebeskyttelse gældende for alle besætninger med sundhedsrådgivningsaftale. Rådgivningen skal foregå indenfor de eksisterende tidsmæssige rammer af sundhedsrådgivningen ved en prioritering én gang årligt.

​Konklusioner efter rådgivning om smittebeskyttelse skal indgå i besætningsdyrlægens journal, og skal ligeledes fremgå af rapporten mindst én gang årligt sammen med en beskrivelse af eventuelle handlingsplaner om smittebeskyttelse.